《并行計算概述》PPT課件



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1、并行計算,,第一級,,第二級,,第三級,,第一級,,第二級,,第三級,,國家高性能計算中心(合肥),*,*,并行計算,——,結(jié)構(gòu)?算法?編程,并行計算——結(jié)構(gòu),?,算法,?,編程,第一篇 并行計算的基礎(chǔ),,第一章 并行計算機系統(tǒng)及其結(jié)構(gòu)模型,,第二章 當代并行機系統(tǒng):,SMP、MPP,和,Cluster,,第三章 并行計算性能評測,,,第二篇 并行算法的設(shè)計,,第四章 并行算法的設(shè)計基礎(chǔ),,第五章 并行算法的一般設(shè)計方法,,第六章 并行算法的基本設(shè)計技術(shù),,第七章 并行算法的一般設(shè)計過程,2024/10/7,2,,國家高性能計算中心(合肥),并行計算——結(jié)構(gòu),?,算法,?,編程,第三篇 并行數(shù)
2、值算法,,第八章 基本通信操作,,第九章 稠密矩陣運算,,第十章 線性方程組的求解,,第十一章 快速傅里葉變換,,,第四篇 并行程序設(shè)計,,第十二章 并行程序設(shè)計基礎(chǔ),,第十三章 并行程序設(shè)計模型和共享存儲系統(tǒng)編程,,第十四章 分布存儲系統(tǒng)并行編程,,第十五章 并行程序設(shè)計環(huán)境與工具,2024/10/7,3,,國家高性能計算中心(合肥),第一章并行計算機系統(tǒng)及結(jié)構(gòu)模型,,1.1 并行計算,,1.1.1,并行計算與計算科學,,1.1.2 當代科學與工程問題的計算需求,,1.2,并行計算機系統(tǒng)互連,,1.2.1 系統(tǒng)互連,,1.2.2 靜態(tài)互聯(lián)網(wǎng)絡,,1.2.3 動態(tài)互連網(wǎng)絡,,1.2.4,標準
3、互聯(lián)網(wǎng)絡,,1.3 并行計算機系統(tǒng)結(jié)構(gòu),,1.3.1,并行計算機結(jié)構(gòu)模型,,1.3.2 并行計算機訪存模型,2024/10/7,4,,國家高性能計算中心(合肥),并行計算,,并行計算:并行機上所作的計算,又稱高性能計算或超級計算。,,三大學科:計算科學,理論科學和實驗科學,,所有的學科都轉(zhuǎn)向定量化和精確化。,,計算科學是一個交叉學科,用計算的方法來解決應用問題。,,,適用于理論模型復雜或尚未建立,實驗費用昂貴或無法進行,,計算科學:計算物理、計算化學、計算生物學等,,科學與工程問題的需求:氣象預報、油藏模擬、核武器數(shù)值模擬、航天器設(shè)計、基因測序等。,,需求類型:計算密集、數(shù)據(jù)密集、網(wǎng)絡密集。,
4、2024/10/7,5,,國家高性能計算中心(合肥),2024/10/7,6,,國家高性能計算中心(合肥),2024/10/7,7,,國家高性能計算中心(合肥),并行計算,,,美國,HPCC,計劃:高性能計算和通信,重大挑戰(zhàn)性課題,3,T,性能,,美國,Petaflops,研究項目:,Pflop/s,。,,美國,ASCI,計劃:加速戰(zhàn)略計算創(chuàng)新,核武器數(shù)值模擬。高性能,2024/10/7,8,,國家高性能計算中心(合肥),2024/10/7,9,,國家高性能計算中心(合肥),2024/10/7,10,,國家高性能計算中心(合肥),2024/10/7,11,,國家高性能計算中心(合肥),2024
5、/10/7,12,,國家高性能計算中心(合肥),2024/10/7,13,,國家高性能計算中心(合肥),高性能計算機,,Intel(Option Red): 1Tflops,1997,Pentium Pro,,SGI(Option Blue Mountain): 3Tflops,1998,MIPS10000,,IBM(Option White): 7Tflops,Top4,2001,Power3,,日本,Earth Simulator: 35Tflops,Top1,2002,VP,,Hewlett-Packard ASCI Q: 7Tflops ,Top2,3,200
6、2, Alpha Server,,中國聯(lián)想: 1,Tflops,Top43,2002,,,2024/10/7,14,,國家高性能計算中心(合肥),系統(tǒng)互連,,不同帶寬與距離的互連技術(shù): 總線、,SAN、LAN、MAN、WAN,2024/10/7,15,,國家高性能計算中心(合肥),局部總線、,I/O,總線、,SAN,和,LAN,,2024/10/7,16,,國家高性能計算中心(合肥),網(wǎng)絡性能指標,,節(jié)點度(,Node Degree):,射入或射出一個節(jié)點的邊數(shù)。在單向網(wǎng)絡中,入射和出射邊之和稱為節(jié)點度。,,網(wǎng)絡直徑(,Network Diameter):,網(wǎng)絡中任何兩個節(jié)點
7、之間的最長距離,即最大路徑數(shù)。,,對剖寬度(,Bisection Width) :,對分網(wǎng)絡各半所必須移去的最少邊數(shù),,對剖帶寬(,Bisection Bandwidth):,每秒鐘內(nèi),在最小的對剖平面上通過所有連線的最大信息位(或字節(jié))數(shù),,如果從任一節(jié)點觀看網(wǎng)絡都一樣,則稱網(wǎng)絡為對稱的(,Symmetry),2024/10/7,17,,國家高性能計算中心(合肥),靜態(tài)互連網(wǎng)絡 與動態(tài)互連網(wǎng)絡,,靜態(tài)互連網(wǎng)絡:處理單元間有著固定連接的一類網(wǎng)絡,在程序執(zhí)行期間,這種點到點的鏈接保持不變;典型的靜態(tài)網(wǎng)絡有一維線性陣列、二維網(wǎng)孔、樹連接、超立方網(wǎng)絡、立方環(huán)、洗牌交換網(wǎng)、蝶形網(wǎng)絡等,,動態(tài)網(wǎng)絡:用交
8、換開關(guān)構(gòu)成的,可按應用程序的要求動態(tài)地改變連接組態(tài);典型的動態(tài)網(wǎng)絡包括總線、交叉開關(guān)和多級互連網(wǎng)絡等。,,2024/10/7,18,,國家高性能計算中心(合肥),靜態(tài)互連網(wǎng)絡(1),,一維線性陣列(1-,D Linear Array):,,并行機中最簡單、最基本的互連方式,,,每個節(jié)點只與其左、右近鄰相連,也叫二近鄰連接,,,N,個節(jié)點用,N-1,條邊串接之,內(nèi)節(jié)點度為2,直徑為,N-1,,對剖寬度為1,,當首、尾節(jié)點相連時可構(gòu)成循環(huán)移位器,在拓撲結(jié)構(gòu)上等同于環(huán),環(huán)可以是單向的或雙向的,其節(jié)點度恒為2,直徑或為,,(雙向環(huán))或為,N-1(,單向環(huán)),對剖寬度為2,2024/10/7,19,,國
9、家高性能計算中心(合肥),靜態(tài)互連網(wǎng)絡(2),,二維網(wǎng)孔(2-,D Mesh):,,每個節(jié)點只與其上、下、左、右的近鄰相連(邊界節(jié)點除外),節(jié)點度為4,網(wǎng)絡直徑為 ,對剖寬度為,,在垂直方向上帶環(huán)繞,水平方向呈蛇狀,就變成,Illiac,網(wǎng)孔了,節(jié)點度恒為4,網(wǎng)絡直徑為 ,而對剖寬度為,,垂直和水平方向均帶環(huán)繞,則變成了2-,D,環(huán)繞(2-,D,Torus,),,節(jié)點度恒為4,網(wǎng)絡直徑為 ,對剖寬度為,2024/10/7,20,,國家高性能計算中心(合肥),靜態(tài)互連網(wǎng)絡(3),,二叉樹:,,除了根、葉節(jié)點,每個內(nèi)節(jié)點只與其父節(jié)點和兩個子節(jié)
10、點相連。,,節(jié)點度為3,對剖寬度為1,而樹的直徑為,,如果盡量增大節(jié)點度為, 則直徑縮小為2,此時就變成了星形網(wǎng)絡,其對剖寬度為,,傳統(tǒng)二叉樹的主要問題是根易成為通信瓶頸。胖樹節(jié)點間的通路自葉向根逐漸變寬。,2024/10/7,21,,國家高性能計算中心(合肥),靜態(tài)互連網(wǎng)絡(4),,超立方 :,,一個,n-,立方由 個頂點組成,3-立方如圖(,a),所示;4-立方如圖(,b),所示,由兩個3-立方的對應頂點連接而成。,,n-,立方的節(jié)點度為,n,,網(wǎng)絡直徑也是,n ,,而對剖寬度為 。,,如果將3-立方的每個頂點代之以一個環(huán)就構(gòu)成了如圖(,d),所示的3-立
11、方環(huán),此時每個頂點的度為3,而不像超立方那樣節(jié)點度為,n。,2024/10/7,22,,國家高性能計算中心(合肥),嵌入,,將網(wǎng)絡中的各節(jié)點映射到另一個網(wǎng)絡中去,,用,膨脹,(,Dilation,)系數(shù)來描述嵌入的質(zhì)量,它是指被嵌入網(wǎng)絡中的一條鏈路在所要嵌入的網(wǎng)絡中對應所需的最大鏈路數(shù),,如果該系數(shù)為,1,,則稱為完美嵌入。,,,環(huán)網(wǎng)可完美嵌入到,2-D,環(huán)繞網(wǎng)中,,超立方網(wǎng)可完美嵌入到,2,-,D,環(huán)繞網(wǎng)中,,,2024/10/7,23,,國家高性能計算中心(合肥),嵌入,,,2024/10/7,24,,國家高性能計算中心(合肥),網(wǎng)絡名稱,網(wǎng)絡規(guī)模,節(jié)點度,網(wǎng)絡直徑,對剖寬度,對稱,鏈路數(shù)
12、,線性陣列,,2,,1,非,,環(huán)形,,2,(雙向),2,是,,2-,D,網(wǎng)孔,,4,,,非,,Illiac,網(wǎng)孔,,4,,,非,,2-,D,環(huán)繞,,4,,,是,,二叉樹,,3,,1,非,,星形,,,2,,非,,超立方,,,n,n,,是,,立方環(huán),,3,,,是,,靜態(tài)互連網(wǎng)絡特性比較,,2024/10/7,25,,國家高性能計算中心(合肥),動態(tài)互連網(wǎng)絡 (1),,總線:,PCI、VME、Multics、Sbus、MicroChannel,,,多處理機總線系統(tǒng)的主要問題包括總線仲裁、中斷處理、協(xié)議轉(zhuǎn)換、快速同步、高速緩存一致性協(xié)議、分事務、總線橋和層次總線擴展等,2024/10/7,26,,國家
13、高性能計算中心(合肥),動態(tài)互連網(wǎng)絡 (2),,交叉開關(guān)(,Crossbar):,,單級交換網(wǎng)絡,可為每個端口提供更高的帶寬。象電話交換機一樣,交叉點開關(guān)可由程序控制動態(tài)設(shè)置其處于“開”或“關(guān)”狀態(tài),而能提供所有(源、目的)對之間的動態(tài)連接。,,交叉開關(guān)一般有兩種使用方式:一種是用于對稱的多處理機或多計算機機群中的處理器間的通信;另一種是用于,SMP,服務器或向量超級計算機中處理器和存儲器之間的存取。,2024/10/7,27,,國家高性能計算中心(合肥),動態(tài)互聯(lián)網(wǎng)絡 (3),,單級交叉開關(guān)級聯(lián)起來形成多級互連網(wǎng)絡,MIN(Multistage Interconnection Network
14、),,,2024/10/7,28,,國家高性能計算中心(合肥),動態(tài)互連網(wǎng)絡(4),,交換開關(guān)模塊:,,,一個交換開關(guān)模塊有,n,個輸入和,n,個輸出,每個輸入可連接到任意輸出端口,但只允許一對一或一對多的映射,不允許多對一的映射,因為這將發(fā)生輸出沖突,,級間互連(,Interstage,Connection ):,,均勻洗牌、蝶網(wǎng)、多路均勻洗牌、交叉開關(guān)、立方連接,,n,輸入的,Ω,網(wǎng)絡需要 級 開關(guān),在,Ilinois,大學的,Cedar[2],多處理機系統(tǒng)中采用了,Ω,網(wǎng)絡,,Cray Y/MP,多級網(wǎng)絡,該網(wǎng)絡用來支持8個向量處理器和256個存儲器模塊之間的
15、數(shù)據(jù)傳輸。網(wǎng)絡能夠避免8個處理器同時進行存儲器存取時的沖突。,2024/10/7,29,,國家高性能計算中心(合肥),動態(tài)互連網(wǎng)絡比較,,n,,節(jié)點規(guī)模,w,,數(shù)據(jù)寬度,動態(tài)互連網(wǎng)絡的復雜度和帶寬性能一覽表,,,,網(wǎng)絡特性,總線系統(tǒng),多級互連網(wǎng)絡,交叉開關(guān),硬件復雜度,,,,每個處理器帶寬,,,~,,,報道的聚集帶寬,SunFire,服務器中的,Gigaplane,總線:2.67,GB/s,IBM SP2,中的512節(jié)點的,HPS:10.24GB/s,Digital,的千兆開關(guān):3.4,GB/s,2024/10/7,30,,國家高性能計算中心(合肥),標準互聯(lián)網(wǎng)絡(1),,Myrinet,:,
16、,Myrinet,是由,Myricom,公司設(shè)計的千兆位包交換網(wǎng)絡,其目的是為了構(gòu)筑計算機機群,使系統(tǒng)互連成為一種商業(yè)產(chǎn)品。,,Myrinet,是基于加州理工學院開發(fā)的多計算機和,VLSI,技術(shù)以及在南加州大學開發(fā)的,ATOMIC/LAN,技術(shù)。,Myrinet,能假設(shè)任意拓撲結(jié)構(gòu),不必限定為開關(guān)網(wǎng)孔或任何規(guī)則的結(jié)構(gòu)。,,Myrinet,在數(shù)據(jù)鏈路層具有可變長的包格式,對每條鏈路施行流控制和錯誤控制,并使用切通選路法以及定制的可編程的主機接口。在物理層上,,Myrinet,網(wǎng)使用全雙工,SAN,鏈路,最長可達3米,峰值速率為(1.28+1.28),Gbps,(,目前有2.56+2.56),,M
17、yrinet,交換開關(guān) :8,12,16端口,,Myrinet,主機接口 : 32位的稱作,LANai,芯片的用戶定制的,VLSI,處理器,它帶有,Myrinet,接口、包接口、,DMA,引擎和快速靜態(tài)隨機存取存儲器,SRAM。,,140,of the November 2002 TOP500 use,Myrinet,, including 15 of the top 100,,2024/10/7,31,,國家高性能計算中心(合肥),Myrinet,連接的,LAN/Cluster,,,2024/10/7,32,,國家高性能計算中心(合肥),標準互連網(wǎng)絡(2,),,高性能并行接口(,HiPPI,
18、),,Los Alamos,國家實驗室于1987年提出的一個標準,其目的是試圖統(tǒng)一來自不同產(chǎn)商生產(chǎn)的所有大型機和超級計算機的接口。在大型機和超級計算機工業(yè)界,,HiPPI,作為短距離的系統(tǒng)到系統(tǒng)以及系統(tǒng)到外設(shè)連接的高速,I/O,通道。,,1993年,,ANSI X3T9.3,委員會認可了,HiPPI,標準,它覆蓋了物理和數(shù)據(jù)鏈路層,但在這兩層之上的任何規(guī)定卻取決于用戶。,,HiPPI,是個單工的點到點的數(shù)據(jù)傳輸接口,其速率可達800,Mbps,到1.6,Gbps,。,,開發(fā)成功了一種能提供潛在的6.4,Gbps,速率,比,HiPPI,快8倍且有很低時延的超級,HiPPI,技術(shù),,,SGI,公司
19、和,Los Alamos,國家實驗室都開發(fā)了用來構(gòu)筑速率高達25.6,Gbps,的,HiPPI,交換開關(guān)的,HiPPI,技術(shù)。,,HiPPI,通道和,HiPPI,交換開關(guān)被用在,SGI Power Challenge,服務器、,IBM 390,主機、,Cray Y/MP、C90,和,T3D/T3E,等系統(tǒng),,2024/10/7,33,,國家高性能計算中心(合肥),使用,HiPPI,通道和開關(guān)構(gòu)筑的,LAN,主干網(wǎng),,2024/10/7,34,,國家高性能計算中心(合肥),標準互連網(wǎng)絡(3),,光纖通道,FC(Fiber Channel) :,,通道和網(wǎng)絡標準的集成,,光纖通道既可以是共享介質(zhì),
20、也可以是一種交換技術(shù),,光纖通道操作速度范圍可從100到133、200、400和800,Mbps。FCSI,廠商也正在推出未來具有更高速度(1、2或4,Gbps,),的光纖通道,,光纖通道的價值已被現(xiàn)在的某些千兆位局域網(wǎng)所證實,這些局域網(wǎng)就是基于光纖通道技術(shù)的,,連網(wǎng)拓撲結(jié)構(gòu)的靈活性是光纖通道的主要財富,它支持點到點、仲裁環(huán)及交換光纖連接,,FDDI :,,光纖分布式數(shù)據(jù)接口,FDDI(Fiber Distributed Data Interface),,FDDI,采用雙向光纖令牌環(huán)可提供100-200,Mbps,數(shù)據(jù)傳輸速率,,FDDI,具有互連大量設(shè)備的能力,,傳統(tǒng)的,FDDI,僅以異步方
21、式操作,2024/10/7,35,,國家高性能計算中心(合肥),雙向,FDDI,環(huán)作為主干網(wǎng),,2024/10/7,36,,國家高性能計算中心(合肥),標準互聯(lián)網(wǎng)絡(4),,ATM(Asynchronous Transfer Mode):,,由成立于1991年的,ATM,論壇和,ITU,標準定義。,,ATM,是一種獨立于介質(zhì)的消息傳輸協(xié)議,它將消息段變成更短的固定長度為53字節(jié)的報元進行傳輸。,,這種技術(shù)是基于報元交換機制。,ATM,的目的是將實時和突發(fā)數(shù)據(jù)的傳輸合并成單一的網(wǎng)絡技術(shù)。,,ATM,網(wǎng)絡支持從25到51、155和622,Mbps,不同的速率,其速率越低,ATM,交換器和使用的鏈路
22、價格越低。,,2024/10/7,37,,國家高性能計算中心(合肥),香港大學開發(fā)的,Pearl,機群,,2024/10/7,38,,國家高性能計算中心(合肥),標準互連網(wǎng)絡(5),,代別,,類型,,以太網(wǎng),,10,BaseT,快速以太網(wǎng),,100,BaseT,千兆位以太網(wǎng),,1,GB,引入年代,,1982,1994,1997,速度(帶寬),,10,Mb/s,100,Mb/s,1,Gb/s,最,,大,,距,,離,UTR(,非屏蔽雙扭對),100,m,100,m,25-100,m,,STP(,屏蔽雙扭對),,同軸電纜,500,m,100,m,25-100,m,,多模光纖,2,Km,412,m(,
23、半雙工),,2,Km(,全雙工),500,m,,單模光纖,25,Km,20,Km,3,Km,主要應用領(lǐng)域,,文件共享,,,打印機共享,COW,計算,,,C/S,結(jié)構(gòu),,,大型數(shù)據(jù)庫存取等,大型圖像文件,,,多媒體,,,因特網(wǎng),,,內(nèi)部網(wǎng),,,數(shù)據(jù)倉庫等,2024/10/7,39,,國家高性能計算中心(合肥),并行計算機結(jié)構(gòu)模型,,2024/10/7,40,,國家高性能計算中心(合肥),并行計算機體系合一結(jié)構(gòu),,SMP、MPP、DSM,和,COW,并行結(jié)構(gòu)漸趨一致。,,大量的節(jié)點通過高速網(wǎng)絡互連起來,,節(jié)點遵循,Shell,結(jié)構(gòu):用專門定制的,Shell,電路將商用微處理器和節(jié)點的其它部分(包括
24、板級,Cache、,局存、,NIC,和,DISK),連接起來。優(yōu)點是,CPU,升級只需要更換,Shell。,2024/10/7,41,,國家高性能計算中心(合肥),五種結(jié)構(gòu)特性一覽表,,屬性,,PVP,,SMP,,MPP,,DSM,,COW,,結(jié)構(gòu)類型,,MIMD,,MIMD,,MIMD,,MIMD,,MIMD,,處理器類型,,專用定制,,商用,,商用,(,可定制,),,商用,,商用,,互連網(wǎng)絡,,定制交叉開關(guān),,總線、交叉開關(guān),,定制網(wǎng)絡,,定制網(wǎng)絡,,商用網(wǎng)絡(以太,ATM,),,通信機制,,共享變量,,共享變量,,消息傳遞,,共享變量,,消息傳遞,,地址空間,,單地址空間,,單地址空間,
25、,多地址空間,,單地址空間,,多地址空間,,系統(tǒng)存儲器,,集中共享,,集中共享,,分布非共享,,分布共享,,分布非共享,,訪存模型,,UMA,,UMA,,NORMA,,NUMA,,NORMA,,代表機器,,Cray C-90,,,,Cray T-90,,,,銀河,1,號,,IBM R50,,,SGI Power Challenge,,,,曙光,1,號,,Intel Paragon,,,IBMSP2,,,曙光,1000/2000,,Stanford DASH,,,Cray T 3D,,Berkeley NOW,,,Alpha Farm,,2024/10/7,42,,國家高性能計算中心(合肥),并
26、行計算機訪存模型(1),,UMA,(,Uniform Memory Access,),模型是均勻存儲訪問模型的簡稱。其特點是:,,物理存儲器被所有處理器均勻共享;,,所有處理器訪問任何存儲字取相同的時間;,,每臺處理器可帶私有高速緩存;,,外圍設(shè)備也可以一定形式共享。,2024/10/7,43,,國家高性能計算中心(合肥),并行計算機訪存模型(2),,NUMA(Nonuniform,Memory Access),模型是,非均勻存儲訪問,模型的簡稱。特點是:,,被共享的存儲器在物理上是分布在所有的處理器中的,其所有本地存儲器的集合就組成了全局地址空間;,,處理器訪問存儲器的時間是不一樣的;訪問本
27、地存儲器,LM,或群內(nèi)共享存儲器,CSM,較快,而訪問外地的存儲器或全局共享存儲器,GSM,較慢,(,此即非均勻存儲訪問名稱的由來,),;,,每臺處理器照例可帶私有高速緩存,外設(shè)也可以某種形式共享。,,LM,1,P,1,LM,2,P,2,LM,n,P,n,互,連,網(wǎng),絡,(,a),共享本地存儲模型,全局互連網(wǎng)絡,(,b),層次式機群模型,GSM,GSM,GSM,…,…,…,…,P,C,I,N,CSM,P,P,CSM,CSM,群1,…,…,P,C,I,N,CSM,群,N,P,P,CSM,CSM,…,…,2024/10/7,44,,國家高性能計算中心(合肥),并行計算機訪存模型(3),,COMA(
28、Cache-Only Memory Access),模型是,全高速緩存存儲訪問,的簡稱。其特點是:,,各處理器節(jié)點中沒有存儲層次結(jié)構(gòu),全部高速緩存組成了全局地址空間;,,利用分布的高速緩存目錄,D,進行遠程高速緩存的訪問;,,COMA,中的高速緩存容量一般都大于,2,級高速緩存容量;,,使用,COMA,時,數(shù)據(jù)開始時可任意分配,因為在運行時它最終會被遷移到要用到它們的地方。,,2024/10/7,45,,國家高性能計算中心(合肥),并行計算機訪存模型(4),,CC-NUMA,(,Coherent-Cache,Nonuniform,Memory Access,),模型是,高速緩存一致性非均勻存儲
29、訪問,模型的簡稱。其特點是:,,大多數(shù)使用基于目錄的高速緩存一致性協(xié)議;,,保留,SMP,結(jié)構(gòu)易于編程的優(yōu)點,也改善常規(guī),SMP,的可擴放性;,,CC-NUMA,實際上是一個分布共享存儲的,DSM,多處理機系統(tǒng);,,它最顯著的優(yōu)點是程序員無需明確地在節(jié)點上分配數(shù)據(jù),系統(tǒng)的硬件和軟件開始時自動在各節(jié)點分配數(shù)據(jù),在運行期間,高速緩存一致性硬件會自動地將數(shù)據(jù)遷移至要用到它的地方。,,2024/10/7,46,,國家高性能計算中心(合肥),并行計算機訪存模型(5),,NORMA(No-Remote Memory Access),模型是,非遠程存儲訪問,模型的簡稱。,NORMA,的特點是:,,所有存儲器
30、是私有的;,,絕大數(shù),NUMA,都不支持遠程存儲器的訪問;,,在,DSM,中,,NORMA,就消失了。,,2024/10/7,47,,國家高性能計算中心(合肥),構(gòu)筑并行機系統(tǒng)的不同存儲結(jié)構(gòu),,2024/10/7,48,,國家高性能計算中心(合肥),第二章 當代并行機系統(tǒng),,2.1 共享存儲多處理機系統(tǒng),,2.1.1,對稱多處理機,SMP,結(jié)構(gòu)特性,,2.2 分布存儲多計算機系統(tǒng),,2.2.1,大規(guī)模并行機,MPP,結(jié)構(gòu)特性,,2.3 機群系統(tǒng),,2.3.1 大規(guī)模并行處理系統(tǒng),MPP,機群,SP2,,2.3.2,工作站機群,COW,2024/10/7,49,,國家高性能計算中心(合肥),對稱
31、多處理機,SMP(1),,SMP:,采用商用微處理器,通常有片上和片外,Cache,,基于總線連接,集中式共享存儲,,UMA,結(jié)構(gòu),,例子:,SGI Power Challenge, DEC Alpha Server,Dawning 1,2024/10/7,50,,國家高性能計算中心(合肥),對稱多處理機,SMP(2),,優(yōu)點,,對稱性,,單地址空間,易編程性,動態(tài)負載平衡,無需顯示數(shù)據(jù)分配,,高速緩存及其一致性,數(shù)據(jù)局部性,硬件維持一致性,,低通信延遲,,Load/Store,完成,,問題,,欠可靠,,BUS,OS,SM,,通信延遲(相對于,CPU),,競爭加劇,,慢速增加的帶寬(,MB d
32、ouble/3,年,,IOB,更慢),,不可擴放性---〉,CC-NUMA,,2024/10/7,51,,國家高性能計算中心(合肥),大規(guī)模并行機,MPP,,成百上千個處理器組成的大規(guī)模計算機系統(tǒng),規(guī)模是變化的。,,NORMA,結(jié)構(gòu),高帶寬低延遲定制互連。,,可擴放性:,Mem,, I/O,,平衡設(shè)計,,系統(tǒng)成本:商用處理器,相對穩(wěn)定的結(jié)構(gòu),(shell),,,SMP,節(jié)點,,,分布,,通用性和可用性:不同的應用,,PVM,MPI,,交互,批處理,互連對用戶透明,單一系統(tǒng)映象,故障,,通信要求,,存儲器和,I/O,能力,,例子:,Intel Option Red,,,IBM SP2 Dawn
33、ing 1000,2024/10/7,52,,國家高性能計算中心(合肥),典型,MPP,系統(tǒng)特性比較,,MPP,模型,,Intel/,Sandia,ASCI Option Red,,IBM SP2,,SGI/Cray Origin2000,,一個大型樣機的配置,,9072,個處理器,,1.8,Tflop/s(NSL,),,400,個處理器,,100,Gflop/s(MHPCC,),,128,個處理器,,51,Gflop/s(NCSA,),,問世日期,,1996,年,12,月,,1994,年,9,月,,1996,年,10,月,,處理器類型,,200,MHz, 200Mflop/s Pentium
34、 Pro,,67,MHz,,,267Mflop/s POWER2,,200,MHz,,,400Mflop/s MIPS R10000,,節(jié)點體系結(jié)構(gòu),,和數(shù)據(jù)存儲器,,2,個處理器,,32,到,256,MB,主存,共享磁盤,,1,個處理器,,64,MB,到,2,GB,本地主存,,1,GB,到,14.5,GB,本地磁盤,,2,個處理器,,64,MB,到,256,MB,分布共享主存和共享磁盤,,互連網(wǎng)絡和主存模型,,分離兩維網(wǎng)孔,,NORMA,,多級網(wǎng)絡,,NORMA,,胖超立方體網(wǎng)絡,,CC-NUMA,,節(jié)點操作系統(tǒng),,輕量級內(nèi)核(,LWK,),,完全,AIX,(,IBM UNIX,),,微內(nèi)核
35、,Cellular IRIX,,自然編程機制,,基于,PUMA Portals,的,MPI,,MPI,和,PVM,,Power C,,,Power Fortran,,其他編程模型,,Nx,,,PVM,,,HPF,,HPF,,,Linda,,MPI,,,PVM,,2024/10/7,53,,國家高性能計算中心(合肥),MPP,所用的高性能,CPU,特性比較,,屬性,,Pentium Pro,,PowerPC 602,,Alpha 21164A,,Ultra SPARC II,,MIPS R10000,,工藝,,BiCMOS,,CMOS,,CMOS,,CMOS,,CMOS,,晶體管數(shù),,5.5,M
36、/15.5M,,7,M,,9.6,M,,5.4,M,,6.8,M,,時鐘頻率,,150,MHz,,133,MHz,,417,MHz,,200,MHz,,200,MHz,,電壓,,2.9,V,,3.3,V,,2.2,V,,2.5,V,,3.3,V,,功率,,20,W,,30,W,,20,W,,28,W,,30,W,,字長,,32,位,,64,位,,64,位,,64,位,,64,位,,I/O,,高速緩存,,8,KB/8KB,,32,KB/32KB,,8,KB/8KB,,16,KB/16KB,,32,KB/32KB,,2,級,,高速緩存,,256,KB,,(,多芯片模塊,),,1~128,MB,,(
37、,片外,),,96,KB,,(,片上,),,16,MB,,(,片外,),,16,MB,,(,片外,),,執(zhí)行單元,,5,個單元,,6,個單元,,4,個單元,,9,個單元,,5,個單元,,超標量,,3,路,(,Way),,4,路,,4,路,,4,路,,4,路,,流水線深度,,14,級,,4~8,級,,7~9,級,,9,級,,5~7,級,,SPECint,92,,366,,225,,>500,,350,,300,,SPECfp,92,,283,,300,,>750,,550,,600,,SPECint,95,,8.09,,225,,>11,,N/A,,7.4,,SPECfp,95,,6.70,,3
38、00,,>17,,N/A,,15,,其它特性,,CISC/RISC,混合,,短流水線長,L1,高速緩存,,最高時鐘頻率最大片上,2,級高速緩存,,多媒體和圖形指令,,MP,機群總線可支持,4,個,CPU,,2024/10/7,54,,國家高性能計算中心(合肥),機群型大規(guī)模并行機,SP2,,設(shè)計策略:,,機群體系結(jié)構(gòu),,標準環(huán)境,,標準編程模型,,系統(tǒng)可用性,,精選的單一系統(tǒng)映像,,系統(tǒng)結(jié)構(gòu):,,高性能開關(guān),HPS,多級,Ω,網(wǎng)絡,,寬節(jié)點、窄節(jié)點和窄節(jié)點2,2024/10/7,55,,國家高性能計算中心(合肥),工作站機群,COW,,分布式存儲,,MIMD,,工作站+商用互連網(wǎng)絡,每個節(jié)點是
39、一個完整的計算機,有自己的磁盤和操作系統(tǒng),而,MPP,中只有微內(nèi)核,,優(yōu)點:,,投資風險小,,系統(tǒng)結(jié)構(gòu)靈活,,性能/價格比高,,能充分利用分散的計算資源,,可擴放性好,,問題,,通信性能,,并行編程環(huán)境,,,例子:,Berkeley NOW,Alpha Farm, FXCOW,,,,P/C,M,MIO,MIO,M,P/C,NIC,NIC,D,D,LAN,2024/10/7,56,,國家高性能計算中心(合肥),典型的機群系統(tǒng),,典型的機群系統(tǒng)特點一覽表,,名稱,,系統(tǒng)特點,,Princeton:SHRIMP,,PC,商用組件,通過專用網(wǎng)絡接口達到共享虛擬存儲,支持有效通信,,Karsruhe:P
40、arastation,,用于分布并行處理的有效通信網(wǎng)絡和軟件開發(fā),,Rice:TreadMarks,,軟件實現(xiàn)分布共享存儲的工作站機群,,Wisconsin:Wind Tunnel,,在經(jīng)由商用網(wǎng)絡互連的工作站機群上實現(xiàn)分布共享存儲,,Chica,、,Maryl,、,Penns:NSCP,,國家可擴放機群計劃:在通過因特網(wǎng)互連的,3,個本地機群系統(tǒng)上進行元計算,,Argonne:Globus,,在由,ATM,連接的北美,17,個站點的,WAN,上開發(fā)元計算平臺和軟件,,Syracuse:WWVM,,使用因特網(wǎng)和,HPCC,技術(shù),在世界范圍的虛擬機上進行高性能計算,,HKU:Pearl Clus
41、ter,,研究機群在分布式多媒體和金融數(shù)字庫方面的應用,,Virgina:Legion,,在國家虛擬計算機設(shè)施上開發(fā)元計算軟件,,2024/10/7,57,,國家高性能計算中心(合肥),SMP\MPP\,機群比較,,系統(tǒng)特征,,SMP,,MPP,,機群,,節(jié)點數(shù)量,(,N),,?,O(10),,O(100)-O(1000),,?,O(100),,節(jié)點復雜度,,中粒度或細粒度,,細粒度或中粒度,,中粒度或粗粒度,,節(jié)點間通信,,,,共享存儲器,,消息傳遞,,或共享變量(有,DSM,時),,消息傳遞,,節(jié)點操作系統(tǒng),,1,,N(,微內(nèi)核,),,和,1,個主機,OS(,單一,),,N (,希望為同構(gòu)
42、,),,支持單一系統(tǒng)映像,,永遠,,部分,,希望,,地址空間,,單一,,多或單一(有,DSM,時),,多個,,作業(yè)調(diào)度,,單一運行隊列,,主機上單一運行隊列,,協(xié)作多隊列,,網(wǎng)絡協(xié)議,,非標準,,非標準,,標準或非標準,,可用性,,通常較低,,低到中,,高可用或容錯,,性能,/,價格比,,一般,,一般,,高,,互連網(wǎng)絡,,總線,/,交叉開關(guān),,定制,,商用,,2024/10/7,58,,國家高性能計算中心(合肥),第三章 并行計算性能評測,,3.1 并行機的一些基本性能指標,,3.2 加速比性能定律,,3.2.1,Amdahl,定律,,3.2.2,Gustafson,定律,,3.2.3,Sun
43、,和,Ni,定律,,3.3 可擴放性評測標準,,3.3.1 并行計算的可擴放性,,3.3.2 等效率度量標準,,3.3.3 等速度度量標準,,3.3.4 平均延遲度量標準,2024/10/7,59,,國家高性能計算中心(合肥),CPU,的某些基本性能指標,,工作負載,,執(zhí)行時間,,浮點運算數(shù),,指令數(shù)目,,,并行執(zhí)行時間,T,,comput,,為計算時間,,T,paro,,為并行開銷時間,,T,comm,為相互通信時間,,,T,n,= T,,comput,+ T,,paro,+ T,,comm,,,,例:估計,APRAM,模型下執(zhí)行時間,,,2024/10/7,60,,國家高性能計算中心(合肥
44、),存儲器性能,,存儲器的層次結(jié)構(gòu),(,C,L,B),,各層性能參數(shù),:,容量,C,、,延遲,L,、,帶寬,B,。,,,相關(guān)參數(shù):,存儲粒度、一致性粒度、層管理方案等。,2024/10/7,61,,國家高性能計算中心(合肥),影響存儲器容量,C,設(shè)計因素,:,,,與主流應用的進程數(shù)及各進程工作集尺寸等有關(guān)。,影響存儲器延遲,L,設(shè)計因素,:,,與,CPU,指令系統(tǒng),CPI,及指令所需數(shù)據(jù)量等有關(guān)。,影響存儲器帶寬,B,設(shè)計因素,:,,與應用的數(shù)據(jù)通信量、通信頻率和延遲,L,等有關(guān)。,2024/10/7,62,,國家高性能計算中心(合肥),并行與通信開銷,,并行和通信開銷:相對于計算很大。,,,
45、PowerPC (,每個周期,15,ns,執(zhí)行,4,flops;,,,創(chuàng)建一個進程,1.4,ms,可執(zhí)行,372000,flops),,開銷的測量:乒,--,乓方法(,Ping-Pong Scheme),節(jié)點,0,發(fā)送,m,個字節(jié)給節(jié)點,1,;節(jié)點,1,從節(jié)點,0,接收,m,個字節(jié)后,立即將消息發(fā)回節(jié)點,0,??偟臅r間除以,2,,即可得到點到點通信時間,也就是執(zhí)行單一發(fā)送或接收操作的時間。,,可一般化為熱土豆法(,Hot-Potato),,也稱為救火隊法(,Fire-Brigade) 0——1 —— 2 —— … —— -n-1 —— 0,,,2024/10/7,63,,國家高性能計算
46、中心(合肥),Ping-Pong Scheme,,if (my _node _id =0) then /*,發(fā)送者*,/,,,start _time =second( ),,send an m-byte message to node 1,,receive an m-byte message from node 1,,end_time = second( ),,total_time = end_time – start_time,,communication_time[i] = total_time/2,,else if (my_node_id = 1) then /*,接收者*,/,,
47、,receive an m-byte message from node 0,,send an m-byte message to node 0,,,endif,,2024/10/7,64,,國家高性能計算中心(合肥),并行開銷的表達式:點到點通信,,通信開銷,,t,(,m,) =,t,0,+,m,/,r,∞,,通信啟動時間,t,0,,漸近,帶寬,r,∞,,:,傳送無限長的消息時的通信速率,,,半,峰值長度,m,1/2,:達到一半漸近帶寬所要的消息長度,,特定性能,π,0,:表示短消息帶寬,,,t,0,= m,1/2,/,,r,∞,= 1 /,π,0,2024/10/7,65,,國家高性能計
48、算中心(合肥),并行開銷的表達式:整體通信,,典型的整體通信有:,,,播送(,Broadcasting):,處理器,0,發(fā)送,m,個字節(jié)給所有的,n,個處理器,,收集(,Gather):,處理,0,接收所有,n,個處理器發(fā)來在消息,所以處理器,0,最終接收了,m n,個字節(jié);,,散射(,Scatter):,處理器,0,發(fā)送了,m,個字節(jié)的不同消息給所有,n,個處理器,因此處理器,0,最終發(fā)送了,m n,個字節(jié);,,全交換(,Total Exchange):,每個處理器均彼此相互發(fā)送,m,個字節(jié)的不同消息給對方,所以總通信量為,mn,2,個字節(jié);,,循環(huán)移位(,Circular-shift):,
49、處理器,i,發(fā)送,m,個字節(jié)給處理器,i+1,,處理器,n-1,發(fā)送,m,個字節(jié)給處理器,0,,所以通信量為,m n,個字節(jié)。,2024/10/7,66,,國家高性能計算中心(合肥),機器的成本、價格與性,/,價比,,機器的成本與價格,,機器的性能,/,價格比,Performance/Cost Ratio :,系指用單位代價(通常以百萬美元表示)所獲取的性能(通常以,MIPS,或,MFLOPS,表示)每秒執(zhí)行的指令數(shù),,利用率(,Utilization):,可達到的速度與峰值速度之比,,2024/10/7,67,,國家高性能計算中心(合肥),算法級性能評測,,加速比性能定律,,并行系統(tǒng)的加速比
50、是指對于一個給定的應用,并行算法(或并行程序)的執(zhí)行速度相對于串行算法(或串行程序)的執(zhí)行速度加快了多少倍。,,Amdahl,定律,,Gustafson,定律,,Sun Ni,定律,,可擴放性評測標準,,等效率度量標準,,等速度度量標準,,平均延遲度量標準,2024/10/7,68,,國家高性能計算中心(合肥),Amdahl,定律,,P:,處理器數(shù);,,W:,問題規(guī)模(,計算負載、工作負載,給定問題的總計算量,);,,W,s,:,應用程序中的串行分量,,f,是串行分量比例(,f = W,s,/W, W,s,=W,1,);,,W,P,:,應用程序中可并行化部分,,1-,f,為并行分量比例;,,W
51、,s,+W,p,=W;,,T,s,=T,1,:,串行執(zhí)行時間,,T,p,:,并行執(zhí)行時間;,,S:,加速比,,E:,效率;,,出發(fā)點:,,固定不變的計算負載;,,固定的計算負載分布在多個處理器上的,,,增加處理器加快執(zhí)行速度,從而達到了加速的目的。,2024/10/7,69,,國家高性能計算中心(合肥),Amdahl,定律,(,cont‘d),,固定負載的加速公式:,,,,W,s,+ W,p,可相應地表示為,f+(1-f),,,,,,p→∞,時,上式極限為:,S= 1 / f,,W,o,為額外開銷,,2024/10/7,70,,國家高性能計算中心(合肥),Amdahl’s law (cont’
52、d),,2024/10/7,71,,國家高性能計算中心(合肥),Gustafson,定律,,出發(fā)點:,,對于很多大型計算,精度要求很高,即在此類應用中精度是個關(guān)鍵因素,而計算時間是固定不變的。此時為了提高精度,必須加大計算量,相應地亦必須增多處理器數(shù)才能維持時間不變;,,除非學術(shù)研究,在實際應用中沒有必要固定工作負載而計算程序運行在不同數(shù)目的處理器上,增多處理器必須相應地增大問題規(guī)模才有實際意義。,,,Gustafson,加速定律,:,,,,并行開銷,W,o,:,,2024/10/7,72,,國家高性能計算中心(合肥),Gustafson,定律(,cont‘d),,2024/10/7,73,,
53、國家高性能計算中心(合肥),Sun,和,Ni,定律,,基本思想:,,只要存儲空間許可,應盡量增大問題規(guī)模以產(chǎn)生更好和更精確的解(此時可能使執(zhí)行時間略有增加)。,,假定在單節(jié)點上使用了全部存儲容量,M,并在相應于,W,的時間內(nèi)求解之,此時工作負載,W=,fW,+ (1-f)W。,,在,p,個節(jié)點的并行系統(tǒng)上,能夠求解較大規(guī)模的問題是因為存儲容量可增加到,pM,。,令因子,G(p),反應存儲容量增加到,p,倍時并行工作負載的增加量,所以擴大后的工作負載,W =,fW,+ (1-f)G(p)W。,,存儲受限的加速公式 :,,,,,并行開銷,W,o,:,2024/10/7,74,,國家高性能計算中心(
54、合肥),Sun,和,Ni,定律,(,cont’d),,G(p)=1,時就是,Amdahl,加速定律;,,,G(p)=p,變?yōu)?f + p(1-f),,就是,Gustafson,加速定律,,G(p)>p,時,相應于計算機負載比存儲要求增加得快,此時,Sun,和,N i,加速均比,Amdahl,加速和,Gustafson,加速為高。,2024/10/7,75,,國家高性能計算中心(合肥),加速比討論,,參考的加速經(jīng)驗公式:,p/log p≤S≤P,,線性加速比:很少通信開銷的矩陣相加、內(nèi)積運算等,,p/log p,的加速 比:分治類的應用問題,,通信密集類的應用問題 :,S = 1 / C ( p
55、 ),,超線性加速,,絕對加速:最佳并行算法與串行算法,,相對加速:同一算法在單機和并行機的運行時間,,2024/10/7,76,,國家高性能計算中心(合肥),可擴放性評測標準,,并行計算的可擴放性(,Scalability),也是主要性能指標,,可擴放性最簡樸的含意是在確定的應用背景下,計算機系統(tǒng)(或算法或程序等)性能隨處理器數(shù)的增加而按比例提高的能力,,影響加速比的因素:處理器數(shù)與問題規(guī)模,,求解問題中的串行分量,,并行處理所引起的額外開銷(通信、等待、競爭、冗余操作和同步等),,加大的處理器數(shù)超過了算法中的并發(fā)程度,,增加問題的規(guī)模有利于提高加速的因素:,,較大的問題規(guī)??商峁┹^高的并發(fā)
56、度;,,額外開銷的增加可能慢于有效計算的增加;,,算法中的串行分量比例不是固定不變的(串行部分所占的比例隨著問題規(guī)模的增大而縮?。?。,,增加處理器數(shù)會增大額外開銷和降低處理器利用率,所以對于一個特定的并行系統(tǒng)(算法或程序),它們能否有效利用不斷增加的處理器的能力應是受限的,而度量這種能力就是可擴放性這一指標。,2024/10/7,77,,國家高性能計算中心(合肥),可擴放性評測標準(,cont‘d),,可擴放性,:,調(diào)整什么和按什么比例調(diào)整,,并行計算要調(diào)整的是處理數(shù),p,和問題規(guī)模,W,,,兩者可按不同比例進行調(diào)整,此比例關(guān)系(可能是線性的,多項式的或指數(shù)的等)就反映了可擴放的程度。,,并行
57、算法和體系結(jié)構(gòu),,可擴放性研究的主要目的:,,確定解決某類問題用何種并行算法與何種并行體系結(jié)構(gòu)的組合,可以有效地利用大量的處理器,(,算法與結(jié)構(gòu)的組合,),;,,對于運行于某種體系結(jié)構(gòu)的并行機上的某種算法當移植到大規(guī)模處理機上后運行的性能;,,對固定的問題規(guī)模,確定在某類并行機上最優(yōu)的處理器數(shù)與可獲得的最大的加速比;,,用于指導改進并行算法和并行機體系結(jié)構(gòu),以使并行算法盡可能地充分利用可擴充的大量處理器,,目前無一個公認的、標準的和被普遍接受的嚴格定義和評判它的標準,2024/10/7,78,,國家高性能計算中心(合肥),等效率度量標準,,令,t,ie,,和,t,,io,,分別是并行系統(tǒng)上第,
58、i,個處理器的有用計算時間和額外開銷時間(包括通信、同步和空閑等待時間等),,,,T,p,,是,p,個處理器系統(tǒng)上并行算法的運行時間,對于任意,i,顯然有,T,p,= t,ie,+t,,io,,,且,T,e,+ T,o,=,pT,p,,問題的規(guī)模,W,為最佳串行算法所完成的計算,量,W=T,e,,,,,如果問題規(guī)模,W,保持不變,處理器數(shù),p,增加,開銷,T,o,增大,效率,E,下降。為了維持一定的效率(介于,0與1,之間),當處理,數(shù),p,增大時,需要相應地增大問題規(guī)模,W,的值。由此定義函數(shù),f,E,(p),為問題規(guī)模,W,隨處理器數(shù),p,變化的函數(shù),為等效率函數(shù)(,ISO-efficie
59、ncy Function)(Kumar1987),2024/10/7,79,,國家高性能計算中心(合肥),等效率度量標準(,cont‘d),,曲線,1,表示算法具有很好的擴放性;曲線,2,表示算法是可擴放的;曲線,3,表示算法是不可擴放的。,,優(yōu)點:簡單可定量計算的、少量的參數(shù)計算等效率函數(shù),,缺點:如果,T,o,無法計算出(在共享存儲并行機中),,2024/10/7,80,,國家高性能計算中心(合肥),等速度度量標準,,p,表示處理器個數(shù),,W,表示要求解問題的工作量或稱問題規(guī)模(在此可指浮點操作個數(shù)),,T,為并行執(zhí)行時間,定義并行計算的速度,V,為工作量,W,除以并行時間,T,,p,個處
60、理器的并行系統(tǒng)的平均速度定義為并行速度,V,除以處理器個數(shù),p:,,,W,是使用,p,個處理器時算法的工作量,令,W’,表示當處理數(shù)從,p,增大到,p’,時,為了保持整個系統(tǒng)的平均速度不變所需執(zhí)行的工作量,則可得到處理器數(shù)從,p,到,p’,時平均速度可擴放度量標準公式,2024/10/7,81,,國家高性能計算中心(合肥),等速度度量標準(,cont’d),,優(yōu)點:直觀地使用易測量的機器性能速度指標來度量,,缺點:某些非浮點運算可能造成性能的變化,,,2024/10/7,82,,國家高性能計算中心(合肥),平均延遲度量標準,,T,i,為,P,i,的執(zhí)行時間,包括延遲,L,i,,Pi,的總延遲時間為“,L i+,啟動時間,+,停止時間”。定義系統(tǒng)平均延遲時間為,,,,pT,para,=T,o,+ T,s,,,,,,在,p,個處理器上求解工作量為,W,問題的平均延遲,,在,p’,個處理器上求解工作量為,W’,問題的平均延遲當處理器數(shù)由,p,變到,p’,,而推持并行執(zhí)行效率不變,則定義平均延遲可擴放性度量標準為,2024/10/7,83,,國家高性能計算中心(合肥),平均延遲度量標準(,Cont’d),,優(yōu)點:平均延遲能在更低層次上衡量機器的性能,,缺點:需要特定的軟硬件才能獲得平均延遲,,,2024/10/7,84,,國家高性能計算中心(合肥),
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